Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms