Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN4AP35499 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN4AP35499 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms