Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms