Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
ATG4BQ9Y4P1 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
ATG4BQ9Y4P1 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
ATG4BQ9Y4P1 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
ATG4BQ9Y4P1 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
ATG4BQ9Y4P1 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
ATG4BQ9Y4P1 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
ATG4BQ9Y4P1 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
ATG4BQ9Y4P1 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ATG4BQ9Y4P1 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms