Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms