Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS53Q5VIR6 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms