Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 THEMIS-206ENST00000630369 2786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.27□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 MED28-201ENST00000237380 10868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.27□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 NRG3-202ENST00000372142 3136 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.27□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 CPS1-203ENST00000430249 5698 ntTSL 1 (best) BASIC8.27□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 SIPA1L1-202ENST00000381232 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC105105.2-201ENST00000590797 4521 ntTSL 2 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 LINC00282-202ENST00000627246 4008 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 RNU1-149P-201ENST00000390870 161 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AL035419.1-201ENST00000397037 564 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 LINC01359-203ENST00000444349 381 ntTSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AL161621.1-201ENST00000444796 340 ntTSL 3 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 TPT1P13-201ENST00000449760 499 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 OR5AZ1P-201ENST00000527448 943 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC008149.1-201ENST00000551844 525 ntTSL 4 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 RN7SL356P-201ENST00000582228 248 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 DARS-AS1-211ENST00000595061 720 ntTSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC234771.5-201ENST00000600161 514 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 DARS-AS1-220ENST00000607985 660 ntTSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 PXT1-202ENST00000619547 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 TTC3P1-201ENST00000399586 6081 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 SCN9A-201ENST00000303354 9786 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 UGDH-205ENST00000506179 3021 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 ZC3H13-201ENST00000242848 8018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 ANK2-203ENST00000394537 6313 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AP004289.1-201ENST00000436307 2205 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 ZNF733P-202ENST00000444809 1573 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 OR8G5-203ENST00000641992 1560 ntAPPRIS P1 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 METTL8-217ENST00000612742 8132 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC012618.3-205ENST00000637896 1496 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC010132.2-201ENST00000295493 1043 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 DUTP5-201ENST00000406790 469 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 LINC01593-201ENST00000424355 388 ntTSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 BX546450.1-201ENST00000454307 482 ntTSL 2 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC091153.1-201ENST00000466297 402 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 RN7SL738P-201ENST00000470264 297 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 RNA5SP373-201ENST00000517271 95 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AP003501.1-201ENST00000524453 744 ntTSL 3 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AP001266.2-201ENST00000534505 464 ntTSL 4 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AF107885.2-202ENST00000557653 448 ntTSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 MIR7641-1-201ENST00000627518 61 ntBASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 LINC00254-202ENST00000633813 439 ntTSL 3 BASIC8.26□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 LINC01450-201ENST00000443406 3263 ntTSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 SOD2-211ENST00000538183 14266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 LINS1-214ENST00000561308 1612 ntTSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 ARHGAP32-203ENST00000524655 8194 ntTSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 PSD3-204ENST00000440756 11690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 TRIM38-201ENST00000357085 9413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC127164.1-201ENST00000548738 4196 ntTSL 2 BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 SH3D19-210ENST00000514152 5107 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 TCP11-207ENST00000418521 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 PKIB-211ENST00000615438 1936 ntTSL 5 BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 OR7D4-203ENST00000641669 4965 ntAPPRIS P1 BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 RUNX1T1-201ENST00000265814 7284 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 MOB1B-201ENST00000309395 6963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 DROSHA-212ENST00000511367 5305 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 U3.10-201ENST00000364459 214 ntBASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AL138760.1-201ENST00000423283 435 ntTSL 3 BASIC8.25□□□□□ -1.09
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TCOF1Q13428 AL807757.1-201ENST00000437846 424 ntTSL 3 BASIC8.25□□□□□ -1.09
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TCOF1Q13428 GAPDHP62-201ENST00000515313 990 ntBASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 PMP2-202ENST00000519260 1264 ntTSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC013701.1-201ENST00000522657 465 ntBASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 MAL2-208ENST00000523307 556 ntTSL 4 BASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 MTCO1P1-201ENST00000624263 1081 ntBASIC8.25□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC244517.5-203ENST00000624778 517 ntTSL 2 BASIC8.25□□□□□ -1.09
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TCOF1Q13428 COBLL1-203ENST00000392717 9523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.25□□□□□ -1.09
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TCOF1Q13428 CHRM3-AS2-201ENST00000427859 2431 ntTSL 1 (best) BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 TXNRD1-212ENST00000526390 3808 ntTSL 5 BASIC8.24□□□□□ -1.09
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TCOF1Q13428 PTPRO-210ENST00000544244 3978 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 OR9K1P-202ENST00000641111 3217 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 KIAA2012-204ENST00000498697 3772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 ITPR1-202ENST00000354582 10242 ntTSL 5 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 RAB30-216ENST00000612684 9783 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 RABGEF1-202ENST00000380828 3864 ntTSL 2 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC068870.1-201ENST00000563737 2455 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 U3.36-201ENST00000408418 213 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 DPYD-IT1-201ENST00000424982 401 ntTSL 3 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 DPH5-204ENST00000427040 609 ntTSL 1 (best) BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 LINC02210-201ENST00000444561 288 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AL590764.1-201ENST00000450860 726 ntTSL 3 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 RPL5P22-201ENST00000480199 884 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 ETFRF1-211ENST00000557540 1259 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AP005403.1-201ENST00000579720 229 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 SMIM24-204ENST00000591708 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 MIR4500HG-205ENST00000606590 579 ntTSL 4 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC112493.1-201ENST00000609836 303 ntTSL 3 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC015574.1-205ENST00000611285 524 ntTSL 5 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC015712.7-201ENST00000615211 635 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 GABRA1-218ENST00000637827 1838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AL356317.1-201ENST00000396110 1436 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 AC068733.2-201ENST00000605434 1418 ntBASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 PCDH15-201ENST00000320301 6845 ntTSL 1 (best) BASIC8.24□□□□□ -1.09
TCOF1Q13428 PKIA-201ENST00000352966 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.24□□□□□ -1.09
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