Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC87Q9NVE4 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms