Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms