Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SKA3Q8IX90 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.2 ms