Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SP140Q13342 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SP140Q13342 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SP140Q13342 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC19.14■□□□□ 0.66
SP140Q13342 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
SP140Q13342 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
SP140Q13342 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
SP140Q13342 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SP140Q13342 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SP140Q13342 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SP140Q13342 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SP140Q13342 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SP140Q13342 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms