Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
CUX1P39880 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.16■■■□□ 2.9
CUX1P39880 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC33.16■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC33.16■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC33.16■■■□□ 2.9
CUX1P39880 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CUX1P39880 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
CUX1P39880 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CUX1P39880 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CUX1P39880 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CUX1P39880 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CUX1P39880 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CUX1P39880 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CUX1P39880 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CUX1P39880 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CUX1P39880 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CUX1P39880 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CUX1P39880 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CUX1P39880 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CUX1P39880 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.89
CUX1P39880 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.89
CUX1P39880 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.89
CUX1P39880 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.6 ms