Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.2 ms