Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHANK3Q9BYB0 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHANK3Q9BYB0 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms