Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms