Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SF3A1Q15459 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms