Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms