Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
NUP88Q99567 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms