Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms