Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
USF3Q68DE3 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USF3Q68DE3 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms