Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CTCFP49711 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CTCFP49711 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CTCFP49711 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CTCFP49711 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CTCFP49711 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
CTCFP49711 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms