Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
MSX1P28360 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
MSX1P28360 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms