Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NPHP3Q7Z494 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms