Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
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