Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms