Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms