Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms