Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM28Q13263 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM28Q13263 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
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