Protein–RNA interactions for Protein: Q12045

VIK1, Spindle pole body-associated protein VIK1, yeast

Predictions only

Length 647 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VIK1	Q12045	YGR164W	YGR164W	336 nt		-0.25	□□□□□ -2.45
VIK1	Q12045	snR46	snR46	197 nt		-0.26	□□□□□ -2.45
VIK1	Q12045	tM(CAU)Q2	tM(CAU)Q2	78 nt		-0.29	□□□□□ -2.46
VIK1	Q12045	snR39B	snR39B	96 nt		-0.29	□□□□□ -2.46
VIK1	Q12045	SBH2	YER019C-A	267 nt		-0.3	□□□□□ -2.46
VIK1	Q12045	YOR329W-A	YOR329W-A	210 nt		-0.3	□□□□□ -2.46
VIK1	Q12045	snR52	snR52	92 nt		-0.32	□□□□□ -2.46
VIK1	Q12045	YGR146C-A	YGR146C-A	162 nt		-0.35	□□□□□ -2.47
VIK1	Q12045	YJL077W-A	YJL077W-A	87 nt		-0.35	□□□□□ -2.47
VIK1	Q12045	snR69	snR69	101 nt		-0.36	□□□□□ -2.47
VIK1	Q12045	YML100W-A	YML100W-A	174 nt		-0.37	□□□□□ -2.47
VIK1	Q12045	snR48	snR48	113 nt		-0.37	□□□□□ -2.47
VIK1	Q12045	YLR342W-A	YLR342W-A	174 nt		-0.39	□□□□□ -2.47
VIK1	Q12045	tQ(UUG)Q	tQ(UUG)Q	76 nt		-0.4	□□□□□ -2.47
VIK1	Q12045	YNL067W-B	YNL067W-B	141 nt		-0.41	□□□□□ -2.48
VIK1	Q12045	YDL007C-A	YDL007C-A	258 nt		-0.42	□□□□□ -2.48
VIK1	Q12045	PMP2	YEL017C-A	132 nt		-0.42	□□□□□ -2.48
VIK1	Q12045	tL(UAA)Q	tL(UAA)Q	85 nt		-0.43	□□□□□ -2.48
VIK1	Q12045	YIL071W-A	YIL071W-A	477 nt		-0.43	□□□□□ -2.48
VIK1	Q12045	SEC10	YLR166C	2616 nt		-0.43	□□□□□ -2.48
VIK1	Q12045	RDS3	YPR094W	324 nt		-0.47	□□□□□ -2.48
VIK1	Q12045	PAU9	YBL108C-A	129 nt		-0.48	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	tA(UGC)Q	tA(UGC)Q	76 nt		-0.49	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	YER090C-A	YER090C-A	90 nt		-0.49	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	YDR406W-A	YDR406W-A	246 nt		-0.5	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	JLP2	YMR132C	627 nt		-0.5	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	snR50	snR50	90 nt		-0.51	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	YNL266W	YNL266W	420 nt		-0.52	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	YHL015W-A	YHL015W-A	84 nt		-0.53	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	YOR102W	YOR102W	351 nt		-0.53	□□□□□ -2.49
VIK1	Q12045	YJL150W	YJL150W	303 nt		-0.54	□□□□□ -2.5
VIK1	Q12045	YNL205C	YNL205C	423 nt		-0.54	□□□□□ -2.5
VIK1	Q12045	tD(GUC)Q	tD(GUC)Q	75 nt		-0.55	□□□□□ -2.5
VIK1	Q12045	URB1	YKL014C	5295 nt		-0.57	□□□□□ -2.5
VIK1	Q12045	YNL198C	YNL198C	303 nt		-0.58	□□□□□ -2.5
VIK1	Q12045	YJL113W	YJL113W	4647 nt		-0.59	□□□□□ -2.5
VIK1	Q12045	YBR178W	YBR178W	375 nt		-0.6	□□□□□ -2.51
VIK1	Q12045	YLR286W-A	YLR286W-A	135 nt		-0.62	□□□□□ -2.51
VIK1	Q12045	YMR046W-A	YMR046W-A	129 nt		-0.62	□□□□□ -2.51
VIK1	Q12045	YBL053W	YBL053W	375 nt		-0.62	□□□□□ -2.51
VIK1	Q12045	SPG3	YDR504C	384 nt		-0.66	□□□□□ -2.52
VIK1	Q12045	YDL159C-B	YDL159C-B	177 nt		-0.67	□□□□□ -2.52
VIK1	Q12045	snR33	snR33	183 nt		-0.69	□□□□□ -2.52
VIK1	Q12045	snR67	snR67	82 nt		-0.72	□□□□□ -2.52
VIK1	Q12045	tT(UGU)G1	tT(UGU)G1	72 nt		-0.72	□□□□□ -2.52
VIK1	Q12045	tT(UGU)G2	tT(UGU)G2	72 nt		-0.72	□□□□□ -2.52
VIK1	Q12045	tT(UGU)P	tT(UGU)P	72 nt		-0.72	□□□□□ -2.52
VIK1	Q12045	SKI7	YOR076C	2244 nt		-0.73	□□□□□ -2.53
VIK1	Q12045	YBR196C-A	YBR196C-A	150 nt		-0.77	□□□□□ -2.53
VIK1	Q12045	tM(CAU)Q1	tM(CAU)Q1	76 nt		-0.78	□□□□□ -2.53
VIK1	Q12045	YHL009W-B	YHL009W-B	5409 nt		-0.8	□□□□□ -2.54
VIK1	Q12045	YLR299C-A	YLR299C-A	93 nt		-0.8	□□□□□ -2.54
VIK1	Q12045	snR161	snR161	161 nt		-0.8	□□□□□ -2.54
VIK1	Q12045	SOM1	YEL059C-A	225 nt		-0.83	□□□□□ -2.54
VIK1	Q12045	YCR095W-A	YCR095W-A	159 nt		-0.89	□□□□□ -2.55
VIK1	Q12045	YLR466C-B	YLR466C-B	117 nt		-0.89	□□□□□ -2.55
VIK1	Q12045	tP(UGG)Q	tP(UGG)Q	72 nt		-0.92	□□□□□ -2.56
VIK1	Q12045	YML054C-A	YML054C-A	159 nt		-0.92	□□□□□ -2.56
VIK1	Q12045	YGR151C	YGR151C	336 nt		-0.95	□□□□□ -2.56
VIK1	Q12045	YBR223W-A	YBR223W-A	120 nt		-0.97	□□□□□ -2.56
VIK1	Q12045	YNL338W	YNL338W	159 nt		-1	□□□□□ -2.57
VIK1	Q12045	YHR180C-B	YHR180C-B	105 nt		-1.02	□□□□□ -2.57
VIK1	Q12045	YOR376W-A	YOR376W-A	156 nt		-1.07	□□□□□ -2.58
VIK1	Q12045	YCL001W-B	YCL001W-B	255 nt		-1.07	□□□□□ -2.58
VIK1	Q12045	snR77	snR77	88 nt		-1.08	□□□□□ -2.58
VIK1	Q12045	YNR077C	YNR077C	255 nt		-1.09	□□□□□ -2.58
VIK1	Q12045	CDC65	tQ(CUG)M	72 nt		-1.11	□□□□□ -2.59
VIK1	Q12045	YGR240C-A	YGR240C-A	201 nt		-1.15	□□□□□ -2.59
VIK1	Q12045	YNL337W	YNL337W	255 nt		-1.16	□□□□□ -2.6
VIK1	Q12045	YOL083C-A	YOL083C-A	141 nt		-1.17	□□□□□ -2.6
VIK1	Q12045	YBL071C-B	YBL071C-B	99 nt		-1.19	□□□□□ -2.6
VIK1	Q12045	YBR109W-A	YBR109W-A	225 nt		-1.2	□□□□□ -2.6
VIK1	Q12045	YKL106C-A	YKL106C-A	120 nt		-1.21	□□□□□ -2.6
VIK1	Q12045	YMR315W-A	YMR315W-A	108 nt		-1.23	□□□□□ -2.61
VIK1	Q12045	Q0032	Q0032	291 nt		-1.24	□□□□□ -2.61
VIK1	Q12045	RPL41A	YDL184C	78 nt		-1.24	□□□□□ -2.61
VIK1	Q12045	YBR296C-A	YBR296C-A	120 nt		-1.24	□□□□□ -2.61
VIK1	Q12045	YGL007C-A	YGL007C-A	87 nt		-1.25	□□□□□ -2.61
VIK1	Q12045	snR38	snR38	95 nt		-1.26	□□□□□ -2.61
VIK1	Q12045	YOR316C-A	YOR316C-A	210 nt		-1.27	□□□□□ -2.61
VIK1	Q12045	YOL164W-A	YOL164W-A	183 nt		-1.28	□□□□□ -2.61
VIK1	Q12045	snR81	snR81	201 nt		-1.29	□□□□□ -2.62
VIK1	Q12045	YAL037C-A	YAL037C-A	93 nt		-1.29	□□□□□ -2.62
VIK1	Q12045	tY(GUA)Q	tY(GUA)Q	84 nt		-1.31	□□□□□ -2.62
VIK1	Q12045	snR47	snR47	99 nt		-1.34	□□□□□ -2.62
VIK1	Q12045	YBL100W-C	YBL100W-C	120 nt		-1.45	□□□□□ -2.64
VIK1	Q12045	tS(GCU)Q1	tS(GCU)Q1	86 nt		-1.49	□□□□□ -2.65
VIK1	Q12045	YOR309C	YOR309C	381 nt		-1.49	□□□□□ -2.65
VIK1	Q12045	YOR225W	YOR225W	330 nt		-1.5	□□□□□ -2.65
VIK1	Q12045	YLR294C	YLR294C	330 nt		-1.54	□□□□□ -2.66
VIK1	Q12045	YKL225W	YKL225W	348 nt		-1.56	□□□□□ -2.66
VIK1	Q12045	YNL103W-A	YNL103W-A	90 nt		-1.57	□□□□□ -2.66
VIK1	Q12045	YGL041C-B	YGL041C-B	183 nt		-1.6	□□□□□ -2.67
VIK1	Q12045	snR6	snR6	112 nt		-1.62	□□□□□ -2.67
VIK1	Q12045	snR61	snR61	90 nt		-1.64	□□□□□ -2.67
VIK1	Q12045	YNL170W	YNL170W	396 nt		-1.69	□□□□□ -2.68
VIK1	Q12045	YOR335W-A	YOR335W-A	81 nt		-1.69	□□□□□ -2.68
VIK1	Q12045	YDR034C-A	YDR034C-A	177 nt		-1.71	□□□□□ -2.68
VIK1	Q12045	YDL114W-A	YDL114W-A	114 nt		-1.72	□□□□□ -2.68
VIK1	Q12045	tV(UAC)Q	tV(UAC)Q	76 nt		-1.73	□□□□□ -2.69

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