Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
CUX1P39880 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CUX1P39880 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CUX1P39880 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
CUX1P39880 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC33.58■■■□□ 2.97
CUX1P39880 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
CUX1P39880 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
CUX1P39880 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC33.57■■■□□ 2.96
CUX1P39880 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CUX1P39880 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CUX1P39880 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.96
CUX1P39880 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms