Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A1P02462 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A1P02462 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms