Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LHX3Q9UBR4 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms