Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HPS3Q969F9 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HPS3Q969F9 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms