Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHD9Q3L8U1 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
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