Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms