Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms