Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.8 ms