Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms