Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLDN3O15551 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms