Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
LHX3Q9UBR4 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LHX3Q9UBR4 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms