Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCL28Q9NRJ3 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCL28Q9NRJ3 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms