Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.1 ms