Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SYNE3Q6ZMZ3 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms