Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.1 ms