Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A4P53420 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A4P53420 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms