Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms