Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms