Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms