Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms