Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
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